枣庄职业（技师）学院备案党政管理机构12个，分别为：办公室（法治工作办公室）、纪委办公室（监察专员办公室）、组织人事处（工会）、宣传部（图书馆、信息中心）、统战部、学生工作处（团委）、教务科研处（校企合作处）、质量管理办公室（绩效考核办公室、审计处）、招生就业处（国际交流合作处）、财务处、后勤处（国有资产管理处）、安保处。

备案教学机构13个，分别为：医学院、智能制造系、新能源与汽车工程系、经济与信息技术系、农学系（枣庄农业学校、乡村振兴学院）、化工与制药系、新材料与建筑工程系、旅游管理系、马克思主义学院（党校）、君山书院、台儿庄古城校区管理委员会（兰陵书院、枣庄市卫生学校）、墨子国际学院，枣庄市大（中专）学生创业园管理委员会（创新创业培训学院）独立法人。

备案科研机构1个，班墨奚文化研究院，不定级别。

备案教辅机构1个，枣庄职业学院附属口腔医院，独立法人。